報稅完畢後，到稅局櫃臺或自助報稅機上比對相符後，可以清卡。壹般是在規定的申報期內（1-15日）清卡，清卡也代表這妳本次申報納稅的操作徹底完成了。
清卡是將申報納稅單位抄入IC卡中的納稅數據清除掉，類似壹個月結的作用，說明申報單位上月已經完成申報，可以抄入下期納稅資料了。過了抄稅期金稅卡會自動鎖死，不能斷續開票。