主分開票機除在發票的領購、分配與退回中稍有不同以外，在開票系統中的其他操作比如開具發票、抄稅、系統設置和系統維護等與單開票機是完全相同的。對於具有主分開票機的企業到稅務機關購買發票時只需拿著主機IC卡就可以了，主機買回發票並讀入系統中之後，再向各分機分配發票，分機從主機上獲得分配的發票後讀入分機的開票系統後就可以開具發票了。如果分機有發票要退回，也需要先退回到主機，收回到主機的發票可以按情況再重新分配給分機或者退回到稅務機關。總之，分機的發票購買、分配與退回都要通過主機，分機不能直接到稅務機關購買和退回發票。