《企業所得稅匯算清繳管理辦法》第二十二條規定，稅務機關應做好跨地區經營匯總納稅企業和合並納稅企業匯算清繳的協同管理。（壹）總機構和匯繳企業所在地主管稅務機關在對企業的匯總或合並納稅申報資料審核時，發現其分支機構或成員企業申報內容有疑點需進壹步核實的，應向其分支機構或成員企業所在地主管稅務機關發出有關稅務事項協查函；該分支機構或成員企業所在地主管稅務機關應在要求的時限內就協查事項進行調查核實，並將核查結果函復總機構或匯繳企業所在地主管稅務機關。（二）總機構和匯繳企業所在地主管稅務機關收到分支機構或成員企業所在地主管稅務機關反饋的核查結果後，應對總機構和匯繳企業申報的應納稅所得額及應納所得稅額作相應調整。
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