增值稅普通發票和增值稅專用發票版面相同，發票上需要寫清楚總價、稅額、價稅；而國稅通用機的發票版面不壹樣，只需要壹個票面金額(價稅合計)，不需要列出清算價格和稅額。
第二，適用範圍不同
增值稅普通發票和增值稅專用發票是壹個稅控系統，壹般納稅人經常使用。
國稅通用機使用開票軟件，嚴格來說不屬於稅控系統，小規模納稅人經常使用。
營改增後，新增的貨物運輸增值稅專用發票沒有相應的貨物運輸增值稅普通發票。雖然也是普通納稅人，但開具普通發票時使用國稅通用機開票。
此外，已加入營改增的服務業還有11%和6%的不同稅率。所以不能簡單的把增值稅普通發票等同於17%的稅率，把國稅發票等同於3%的稅率。
發票的稅率與開具方的增值稅稅率壹致，也就是說，發票本身並不決定稅率，而是開票方的納稅方式決定了稅率。
除了這兩個區別，對於收票人(買票人)來說效果是壹樣的，都是不可抵扣的國稅普通發票。