國家稅務局系統由國家稅務總局垂直領導；省級地方稅務局受省級人民政府和國家稅務總局雙重領導，省級以下地方稅務局系統由省級地方稅務機關垂直領導。因此，國家稅務局系統和地方稅務局系統分屬國家不同的職能部門，壹般是分開辦公的，但是，也由壹些地方的國家稅務局系統和地方稅務局系統是合署辦公的。
為了加強稅收征收管理，降低征收成本，避免工作交叉，簡化征收手續，方便納稅人，在某些情況下，國家稅務局和地方稅務局可以相互委托對方代收某些稅收。另外，對於特殊情況，國家稅務總局會對某些稅種的征收系統，做出特別的安排和調整。
因此，納稅人涉及具體稅種應當向哪個稅務系統繳納問題時，還是應當以當地主管國家稅務機關和地方稅務機關的實際分工及其具體要求為準。