有。
1、崗位類別不同：壹級行政執法員屬於行政執法類公務員，在行政機關中直接履行監管、處罰、稽查等現場執法職責。科員則屬於綜合管理類公務員，是機關中除行政執法類職位、專業技術類職位以外的履行綜合管理以及機關內部管理等職責的職位。
2、所屬層次不同：行政執法類公務員分為11個層次，而壹級行政執法員屬於第10層公務員職務序列。科員作為綜合管理類公務員，有12個層次，壹級科員位於第11層次，二級科員位列第12層次。
3、任職管理不同：壹級執法員實行任職條件和職數管理，職數由執法單位的主管部門統籌使用，壹級執法員職數不得超過本部門行政執法類公務員編制總數的3.5%，且須任二級執法員滿5年才可晉升，且須在晉升後任職前報市政府公務員主管部門備。