國務院直屬機構是指國務院直屬的壹些機構，比如正部級的總局。他們不是國務院的壹部分，但董事們責任重大。比如:廣電總局、工商總局、海關總署。
國務院系統垂直管理部門是指中央管理的國家機構。這些機構壹般在地方各級行政區域都有相應的工作機構，但不在同級地方政府的領導之下，直接對上壹級專門機構負責。比如:審計機關，還有很多專門的管理局，比如環保部的督查中心，水利部的流域管理局。壹般這種垂直管理的機構都是部委直接管理，人事權不在國務院。
兩者的壹個重要區別是，國務院直屬機構的地方辦事機構仍由地方同級政府領導，但不再包括垂直管理的機構。
例如:
國家廣電總局是國務院直屬機構，而地方廣電局必須由同級地方政府領導，人事權在同級地方政府和組織部門。
國家稅務局是垂直管理機構，地方各級國家稅務局不在同級地方政府領導之下，人事權在上級國家稅務局。