根據《中華人民共和國個人所得稅法》第十條的規定，個人所得稅是個人在中華人民共和國境內取得所得，依照本法繳納的稅款。《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第六十壹條規定，依照稅法的規定計算應納稅所得額，繳納個人所得稅。所以填寫杭州合同5000元需要繳納個人所得稅。
個人所得稅的計算，可以參照《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十二條、第二十三條的規定，具體計算方法可以咨詢稅務機關或專業財務人員。
填寫合同時，建議註意稅收規定，避免違法行為。同時可以選擇合理的稅收籌劃，比如通過稅收優惠政策降低個人所得稅負擔，從而合法合法的減少稅收支出。
總之，填寫5000元的杭州合同需要繳納個人所得稅。具體的計稅和稅收策略，建議咨詢相關專業人士或稅務機關，確保合法合規。