如果財務制度健全，賬務核算清楚，實行核實征收。也就是平時預征，項目結束後清算；如果達不到核實征收的條件，就實行核定征收，就會出現妳提交的問題的情形。
為什麽實行核定征收的具體稅收政策如下：
《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知 》國稅發〔2006〕187號
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七、土地增值稅的核定征收
房地產開發企業有下列情形之壹的，稅務機關可以參照與其開發規模和收入水平相近的當地企業的土地增值稅稅負情況，按不低於預征率的征收率核定征收土地增值稅：
（壹）依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置賬簿的；
（二）擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的；
（三）雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以確定轉讓收入或扣除項目金額的；
（四）符合土地增值稅清算條件，未按照規定的期限辦理清算手續，經稅務機關責令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。