惠州市國家稅務局設置稽查局、車輛購置稅征收管理分局、直屬稅務分局3個直屬機構，稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局、直屬稅務分局級別為正科級。 組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。負責惠城區國家稅務局、仲愷高新技術產業開發區國家稅務局的稽查業務。
稽查局設8個內設機構（副科級），分別是：辦公室、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。 組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
車輛購置稅征收管理分局設3個內設機構（正股級），分別是：辦公室、稅政股、辦稅服務廳。 承擔所轄納稅戶的納稅申報審核、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務及稅款催報催繳、壹般性違規違章行為處理等工作。
直屬稅務分局設5個內設機構（正股級），分別是：辦公室、稅政股、稅源管理壹股、稅源管理二股、辦稅服務廳。