有觀點認為：通過核定征收方式確定納稅人應納稅額是退而求其次的方式。核定征收納稅人應納稅額是在缺少事實證據的情況下確定的。以核定征收稅額為依據實施處罰不符合《行政處罰法》的立法原意。在司法訴訟層面稅務機關承擔著很大的敗訴風險。其代表觀點參閱中國稅務報2008.07.30 張文華作品《以核定稅額為依據進行處罰有很大風險》
在稽查實踐中，很多地市是對采取了偷稅手段的企業實行核定征收稅款並進行處罰。比較有代表性的是北京市地方稅務局，他們在國家稅務總局的眼皮底下執法，曾數次在中國稅務報上刊登對企業核定征收稅款後的處罰告知書。