但個體工商戶開出的專用發票和壹般納稅人開出的專用發票稅率是不壹樣的。除了房租發票的稅率是5%外，其他的專用發票都是3%的稅率。
所以經常會有個體戶拿著開出的專用發票去稅局作廢，理由是對方不接受3%稅率的專用發票，而其他稅率，如即將執行的新稅率16%，10%等只有壹般納稅人才能開出，個體戶只能開具3%的。