1.功能不同:跨境電子商務通關服務平臺主要提供報關、通關、檢驗檢疫等通關服務，幫助企業完成進出口商品的通關手續。跨境電商綜合服務平臺提供更全面的服務，包括倉儲、物流、支付、營銷等壹系列服務，幫助企業實現跨境電商的全流程服務。
2.不同客戶:跨境電商通關服務平臺主要客戶為跨境電商企業，幫助其完成通關手續，確保進出口商品合法合規。跨境電商綜合服務平臺服務範圍更廣，包括跨境電商企業、跨境物流企業、跨境支付企業等。，幫助不同的企業實現各自的服務需求。
3.監管機構不同:跨境電子商務通關服務平臺是根據海關監管要求建立的，主要是規範跨境電子商務進出口商品的通關程序，符合海關規定。跨境電商綜合服務平臺沒有具體的監管機構，主要是為滿足跨境電商需求而建立的綜合服務平臺。