1，固定細胞或組織樣本，固定後適當清洗去除固定劑。如果需要免疫熒光染色，可以先進行免疫熒光染色，染色完成後再進行DAPI染色。如果不需要其他染色，直接進行DAPI染色。
2.對於貼壁細胞或組織切片，添加少量DAPI染色溶液並覆蓋樣品。對於懸浮細胞，加入至少3倍體積的待染色樣品，並充分混合。3.在室溫下染色5-10分鐘。
4.吸取DAPI染色液，用TBST、PBS或生理鹽水沖洗2-3次，每次3-5分鐘。5.在熒光顯微鏡下觀察，激發波長為360-400nm。
DAPI溶液的註意事項:
DAPI通常被認為是致癌的，因此操作時應戴手套，並應避免交叉汙染。本品應避光，盡可能避免反復凍融。
所有熒光染料都有淬滅問題，建議染色後當天盡快完成檢測。為了減緩熒光猝滅，可以使用抗熒光衰減片。