1.不同科目:增值稅專用發票僅供增值稅壹般納稅人使用。小規模納稅人需要使用的，必須經稅務機關批準並出具證明。已辦理稅務登記的納稅人可以購買和使用普通發票，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請購買和使用。
2.內容不同:增值稅專用發票包括開票單位、收款單位、開票日期、采購單位、銷售單位、單價、價格等。普通發票也包括稅務登記號，但不包括增值稅金額、適用稅率、應納增值稅等內容。
3.作用不同:增值稅專用發票既是買賣雙方收付的憑證，也是買方抵扣增值稅的憑證；普通發票只能按運費、收購農副產品和廢舊物資的法定稅率抵扣。
4.不同印制:增值稅專用發票由中華人民共和國國家稅務總局設計印制；普通發票由省、自治區、直轄市和地方稅務局按照國務院主管部門的規定印制。
5.不同環節:增值稅專用發票有四個環節和七個環節，普通發票只有三個環節。
法律依據:《中華人民共和國稅收征收管理法》第二十二條。
增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局按照國務院稅務主管部門的規定指定的企業印制。
未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。