1.下載安裝自然人稅收管理系統，然後登錄系統主界面，點擊人員信息采集，頁面跳轉，點擊添加。
2.輸入員工的基本信息，包括姓名、身份證號、出生日期、手機號碼、入職日期等。輸入員工信息後，單擊提交，然後單擊獲得反饋。
3.返回系統主界面，點擊綜合所得申報，頁面跳轉。點擊薪資後面的填寫。
4.跳轉到頁面，進入個人所得稅填報界面。點擊〖增加〗或〖導入〗按鈕，輸入員工的收入信息。
5.個人所得稅填好後，點擊計稅。這壹步只需要點擊這個按鈕，不需要其他操作。
6、點擊稅款計算，然後點擊申報表提交，頁面跳轉，點擊發送申報表。
7.點擊發送申報後，小微企業個人所得稅申報成功。可以登錄電子稅務局查詢申報結果。如果顯示已經申報，說明稅務局已經收到申報信息，納稅申報工作已經完成。
法律依據:《中華人民共和國稅收征收管理法》
規則壹。為了加強稅收征收管理，規範稅收征繳行為，維護國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
規則二。本法適用於稅務機關依法征收的各種稅收的征收管理。
規則三。稅收的征收、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，應當依照法律的規定執行；法律授權國務院的，依照國務院制定的行政法規執行。