1.監測範圍不同:生態流量監管主要側重於生態流量的監測，以評估人類活動和自然演變對水生態系統的影響，而水生態監測範圍涵蓋水環境和生物兩部分，不僅監測水質，還關註生物多樣性和生態系統結構與功能。
2.目的不同:生態流量監管更側重於保障水電站生態流量的調度管理和主管部門監督管理的需要，以維護水電站的生態平衡和可持續發展，而水生態監測旨在評估人類活動和自然演變對水生態系統的影響，為環境保護、生態修復和可持續發展提供決策依據。