因為近親結婚的夫妻，相同的基因比較多，不利於生存的隱性有害基因很容易遺傳給後代(也就是純合子)，所以很容易生出素質差的孩子。據世界衛生組織估計，人群中每個人攜帶約5-6種隱性遺傳病。在隨機婚姻(非近親結婚)中，由於夫妻雙方沒有血緣關系，相同的基因很少，且攜帶不同的隱性致病基因，所以不容易形成隱性致病基因的純合子(患者)。但近親結婚，很可能夫妻雙方攜帶相同的隱性致病基因，在後代中容易相遇，會增加後代遺傳病的發生率。
因此，根據我國目前的人口狀況和醫療水平，為了盡量減少近親結婚帶來的基因缺陷，規定直系血親和三代以內旁系血親禁止結婚。
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