如果行政協議的判決僅依據民法，是否適用法律有誤？

不對。根據我國法律規定，行政協議是指行政機關與其他組織或者個人在行政管理範圍內訂立的具有壹定法律效力的協議。行政協議的效力主要包括合法性、強制性和穩定性。對於行政協議效力的訴訟，法院應當依據《中華人民共和國行政訴訟法》的規定進行審理，僅依據民事法律適用判決是錯誤的。