專業學位證書編號位置印有帶漢語拼音縮寫的“Z”字，其後續編號改為16位數字。除了第十壹學位根據專業學位不同用壹個漢語拼音字母區分外，編號方法與普通三級學位證書相同。具體字母為:法學碩士(F)、教育學碩士(Y)、工學碩士(C、建築學碩士及學士(J)、農業推廣碩士(A)、獸醫學博士及碩士(B)、臨床醫學博士及碩士(L)、口腔醫學博士及碩士(D)、公共衛生碩士(G)、公共衛生碩士(G)。