1，適用範圍不同，建議主要適用於規定的九個方面，意見主要適用於不起訴，需要主管部門給予行政處罰、行政處分或者沒收其違法所得的，以及民事檢察工作中有錯誤但不需要抗訴的案件。
2.格式和內容都不壹樣。建議書的格式和內容按照《刑事訴訟法律文書格式》107樣式的規定制作；意見書的格式和內容按照《刑事訴訟法律文書格式》第84式的規定制作。