專項資金能否被法院執行，要看專項資金是做什麽用的。人民法院采取凍結措施時，不得凍結被申請人銀行賬戶中國家指定的專項資金。但是，被申請人利用這些名義隱匿資金逃避履行義務的，人民法院可以予以凍結。人民法院在執行過程中，應當根據存款用途和賬戶類型判斷企業的存款性質。所以更新改造等專項資金要根據存款的具體用途。人民法院采取凍結措施時，不得凍結被申請人銀行賬戶中國家指定的專項資金。但是，被申請人以這些名義隱匿資金，逃避履行義務的，人民法院可以予以凍結。
法律依據
《人民幣銀行結算賬戶管理辦法》第十三條設立專門賬戶，嚴格實行專項管理和支付。否則應認定為壹般流動資金，可以凍結扣劃。
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