1.第三方支付機構與商家的法律關系:商家需要與第三方支付機構簽訂合作協議，明確雙方的權利義務。第三方支付機構有義務將用戶支付的款項及時轉給商戶，商戶也有義務遵守第三方支付機構的規定和限制。
2.第三方支付機構與銀行的法律關系:第三方支付機構需要與銀行簽訂合作協議，明確雙方的權利義務。銀行有義務為第三方支付機構提供資金結算服務，第三方支付機構也有義務遵守銀行的規定和限制。