快遞公司私自更改快遞包裝是違法行為。對於這種行為，可以向當地有關部門舉報或投訴，以維護用戶的合法權益。
根據《快遞暫行條例》第二十七條規定，快件丟失、損毀或者內件短少的，按照快遞企業與寄件人約定的保價規則確定保價快件的賠償責任，未保價的會計按照民法有關規定確定賠償責任。