兩家中國大陸公司的協議管轄權在臺灣省有效嗎？

當然可以。根據《涉外民事法律適用法》第41條規定，當事人可以協議選擇合同適用的法律。當事人沒有選擇的，適用最能反映合同特點的當事人經常居住地的法律或者與合同有最密切聯系的其他法律。此外，不存在違反《合同法》禁止性規定的情況。合同充分尊重雙方自主協商。