南京南站和南京站的區別主要在於位置、路線和功能。南京南站位於雨花臺區，正線為鹹寧、榮寧、京滬高鐵。南京站位於玄武區，主要線路有寧西、京滬、滬寧城際鐵路。功能上，南京南站是高鐵站，只停靠高鐵列車；南京站是高普混合式火車站，以普速列車停靠為主，兼顧高速列車。