如果不是基本農田，流轉後種植蓮藕代替旱田是合法的。國務院關於保護基本農田的“五個嚴禁”:非農業建設項目不得占用基本農田（法律規定的除外）；不得以退耕還林為名違反土地利用總體規劃，將基本農田納入退耕範圍；除法律規定的國家重點建設項目外；不得占用基本農田植樹造林、發展果業、搞林糧間作和超標準建設農田林網；不得以農業結構調整為名，在基本農田挖塘養魚、修建畜禽養殖用房等嚴重破壞耕作層的生產經營活動；不得占用基本農田建設綠色通道和城市綠化帶。