首先是適用舊法。根據這種觀點，跨法行政違法在新法生效之前就已經開始了。雖然新法生效後仍有壹些行為，但只是最初行為的延續或繼續。壹般來說，它們應被視為新法生效前的行為，應適用舊法。
二是分段應用。這種觀點認為，有些跨法行政違法行為在舊法有效期內，有些行為應適用於新法生效後新法生效前的行為，而新法壹般適用於新法生效後的行為。
三是適用新法。這種觀點認為，跨法行政違法自始至終，行為人都處於違法狀態，行政機關處理時新法已經取代舊法，應當適用新法。
事實上，跨越新舊條例的醫療器械連續違規行為，應視為新條例生效後發生的獨立完整的違法行為，完全適用新條例的相關規定進行處罰。對於完全發生在新規生效前，在新規生效後才被發現和查處的違法行為，可以適用國管局2014號文規定的“從舊到輕”原則進行處罰。