這主要是由於用人單位的內部規章制度是用人單位利用其用工管理權單方面制定的規定，而集體合同和勞動合同是用人單位與勞動者雙方達成的共識。為了防止用人單位利用其強勢地位侵害勞動者的合法權益，尊重用人單位與勞動者之間的真實意思表示，應當優先考慮雙方的合同約定。
法律依據:《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若幹問題的解釋(二)》第十六條用人單位制定的內部規章制度與集體合同或者勞動合同的內容不壹致，勞動者請求優先適用合同的，人民法院應予支持。