清朝平定天山南北的準部、回民部叛亂後，設立以伊犁將軍為首的軍政府系統管理天山南北，即在伊犁將軍之下，設立烏魯木齊參贊、塔爾巴哈臺參贊、喀什參贊，分別管理新疆東部和天山南北。
北疆蒙古遊牧區的必占、古城、巴裏坤、吐魯番、庫爾卡拉烏蘇都有首領，喀什、葉爾羌族、和田、庫車、烏什、卡拉薩爾、英吉沙、阿克蘇、哈密這八個維吾爾族集中聚居的南疆城市都有負責事務的大臣，分別指揮駐軍，管轄邊防、駐地、克倫邦、哈密。
在這個軍政府體系中，雖然派駐新疆各地的大臣名義上由伊犁將軍控制，但由於種種原因，清朝中央賦予這些大臣相對獨立的實權，並使他們身居高位。這種管理機制壹直是影響清朝新疆政局的關鍵因素。
擴展數據:
在新疆的軍政府系統中，只有伊犁將軍和烏魯木齊屬於真正的同職同銜官員，在武直官員中排名第壹，其他地方的戶部尚書和領導都屬於兼職的臨時職位。這些官職空缺在《大清法典》中有明確規定，有相應的養廉銀。
總之，鑒於當時的歷史地理條件，清代新疆的公使制度具有地位高、獨立性強的特點，使公使在邊疆穩定中發揮了重要作用。然而，不受監督的權力卻壹再激化矛盾。直到清末，隨著交通、通訊、軍需等條件的大規模改善，大臣分駐各地、各自為政的制度終於被行省制度所取代，大臣駐市也由原來的新疆巡撫直接管轄的部門、縣，使新疆的行政管理進入了壹個新的時代。
參考資料:
中國* * *生產黨新聞網-劉:清代南疆的“辦事大臣”制度