明治維新後，隨著經濟的發展，日本的環境問題日益突出。祖尾桐山事件可以說是日本最早的公害事件。戰後經濟高度發展時期，日本發生了幾起公害，其中四起俗稱八大公害(痛疾、水俁病、水俁病、四日哮喘)，引起了日本民眾對環境問題的重視。從65438年到0993年，日本國會通過了《環境基本法》，這是目前日本環境保護方面最重要的法律。目前，日本的主要環境問題是空氣汙染、水汙染和外來物種的增加。
日本的下水道普及率為75%，在發達國家中較低。大量農業、工業和生活廢水未經充分處理就排入自然水體，使日本許多河流和湖泊遭受富營養化。然而，裝載石油的大型貨船也給經過的海域帶來了石油泄漏，導致日本近海海水汙染嚴重。1970年代日本壹些城市出現大量汽車和工廠的汙染空氣造成光化學煙霧問題，65438-0978年日本頒布了控制汽車尾氣汙染的法律，空氣汙染問題在日本得到改善。
1997 12在日本京都召開了《氣候變化框架公約》第三次締約方大會，通過了《京都議定書》。日本還加入了《京都議定書》和《聯合國氣候變化框架公約》，並與世界其他國家合作應對全球變暖問題。日本還加入了全球環境保護條約，如《濕地公約》、《華盛頓條約》和《生物多樣性公約》。