雖然對生態補償已經有了壹些研究和實踐探索，但是對生態補償還沒有壹個比較公認的定義。基於國內外學者的研究和我國的實際情況，對生態補償有廣義和狹義的理解。廣義的生態補償不僅包括對保護生態系統和自然資源所獲得的利益的獎勵或對破壞生態系統和自然資源所造成的損失的補償，還包括對造成環境汙染者的收費。狹義的生態補償主要是指前者。從我國的實際情況來看，由於有壹套比較完善的排汙費法律法規，迫切需要建立基於生態系統服務的生態補償機制，所以我們的研究采用了狹義的概念。
生態補償應包括以下主要內容:壹是補償保護(恢復)或破壞生態系統本身的成本；二是通過經濟手段將經濟利益的外部性內部化；第三，對個人或地區保護生態系統和環境的投資損失或放棄發展機會進行經濟補償；四是對具有重大生態價值的區域或物體進行保護性投資。生態補償機制的建立基於外部成本內部化的原則，保護行為外部經濟的補償依據是保護者為提高生態服務功能而付出的額外保護和相關建設成本以及為此犧牲的發展機會成本；對破壞行為外部不經濟性的補償，以恢復生態服務功能的成本和破壞行為造成的被補償人發展機會成本損失為基礎。
狹義的生態補償概念類似於國際上使用的生態系統服務付費(PES)或生態效益付費(PEB)。在本文中，我們將它們視為同意詞。