1，水資源費由縣級以上地方水行政主管部門按照取水審批權限征收。其中，由流域管理機構批準取水的，由取水口所在地的省、自治區、直轄市水行政主管部門征收水資源費；
2、根據國務院或其授權部門批準的跨省水量分配方案，由調入地區水行政主管部門調度的水資源按照取水審批權限負責征收水資源費。
3、其他省、自治區、直轄市實行調水的，水資源費征收機構和資金分配，由相關省、自治區、直轄市協商確定，並報財政部、國家發展改革委、水利部審批後實施。相關省、自治區、直轄市協商不能達成壹致的，由流域管理機構提出意見，報財政部、國家發展改革委、水利部批準。
法律依據
取水許可和水資源費征收管理條例
第二條本條例所稱取水，是指利用取水工程或者設施直接從河流、湖泊或者地下取水。
取用水資源的單位和個人，應當申請取水許可證，繳納水資源費，但本條例第四條規定的情形除外。
本條例所稱取水工程或者設施，是指閘、壩、渠、人工河道、虹吸管、泵、井、水電站。第十條申請取水的單位或個人(以下簡稱申請人)應向具有審批權限的審批機關提出申請。申請利用各種水源，各種水源的取水許可審批機關不同的，應當向最高壹級審批機關提出申請。
取水許可權限屬於流域管理機構的，應當向取水口所在地的省、自治區、直轄市人民政府水行政主管部門提出申請。省、自治區、直轄市人民政府水行政主管部門應當自收到申請之日起20個工作日內提出意見，連同全部申請材料壹並轉發流域管理機構；流域管理機構收到後，應當按照本條例第十三條的規定處理。