主債務訴訟時效與擔保訴訟時效的關系有以下兩點:
1.如果主債務的訴訟時效中斷，擔保債務的訴訟時效不壹定中斷。造成這種情況的主要原因是壹般保證和連帶保證對訴訟時效的中斷有不同的規定。壹般保證中，主債務的訴訟時效中斷，被保證債務的訴訟時效中斷；在連帶責任保證中，主債務的訴訟時效中斷，以保證債務的訴訟時效不中斷。
2.主債務訴訟時效中止的，被擔保債務的訴訟時效同時中止。
法律依據:
中華人民共和國民法典
第壹百八十八條請求人民法院保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，從其規定。
訴訟時效期間從債權人知道或者應當知道權利受到損害和債務人知道之日起計算。法律另有規定的，從其規定。但是，自權利被損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。特殊情況下，人民法院根據權利人的申請，可以決定延期。
第壹百八十九條當事人約定分期履行同壹債務的，訴訟時效期間從最後壹期屆滿之日起計算。
第壹百九十二條訴訟時效期間屆滿，債務人可以提出不履行的抗辯。
訴訟時效期間屆滿後，債務人同意履行的，不得以訴訟時效期間屆滿為由抗辯；債務人自願履行的，不得請求返還。
第壹百九十三條人民法院不得主動適用訴訟時效。