1.因為員工與公司仍是勞動關系，公司會履行相應的權利和義務，員工本人暫時沒有履行義務；
2.社保問題:壹是繳費，二是費用報銷，三是員工發生意外，公司承擔責任；
3.如果員工去其他公司上班，公司無法發現，也無法核實。即使員工有嚴重違紀行為，公司也無法知曉，大大增加了用工風險。
4.崗位準備。如果這裏有崗位編制，這個員工占用了編制，會減少部門的人力資源，對部門有壹定的影響。
協議內容包括:停薪留職期間，企業停發工資、獎金、各種津貼補貼，停止享受勞動保險待遇；職工應按月向原單位繳納失業保險基金、養老保險基金等費用；職工在停薪留職期間按期繳費的，可以計算連續工齡；職工在停薪留職期滿前未辦理復工手續，又未辦理辭職或調動手續的，企業可在其停薪留職期滿後自行辦理離職，並出具離職證明；停薪留職期限由企業根據生產或工作需要與員工具體約定。
員工在停薪留職過程中，應提出書面申請，得到企業批準，並簽訂停薪留職協議。如果提出停薪留職申請，但未經企業批準擅自離職，企業將按違反勞動紀律處理。
法律依據
中華人民共和國勞動合同法
第八十二條用人單位自用工之日起超過壹個月不滿壹年未與勞動者訂立書面勞動合同的，應當向勞動者每月支付二倍的工資。用人單位違反本法規定未與勞動者訂立無固定期限勞動合同的，應當自應當訂立無固定期限勞動合同之日起，每月向勞動者支付二倍的工資。