根據生態系統服務價值、生態保護成本和發展機會成本，綜合運用行政和市場手段，調整生態環境保護和建設中有關各方的利益關系。
成立原因:
建立生態補償機制是落實科學發展觀的重要舉措，有利於推動環境保護工作從行政手段向綜合運用法律、經濟、技術和行政手段轉變，促進資源的可持續利用，加快建設環境友好型社會，實現不同地區、不同利益群體的和諧發展。
建立生態補償機制是落實新時期環境保護任務的迫切要求。黨中央、國務院對建立生態補償機制提出了明確要求，並將其作為加強環境保護的重要內容。國務院關於以科學發展觀加強環境保護的決定要求，要完善生態補償政策，盡快建立生態補償機制。
中央和地方財政轉移支付要考慮生態補償因素，國家和地方可以分別開展生態補償試點。《國家節能減排綜合工作方案》也明確要求，健全完善資源開發生態補償機制，開展跨流域生態補償試點工作。