第二，在監管層面，缺乏系統的銜接和協調。
第三，在政策層面，有些政策責權不清，比如軍民知識產權協同創新政策；有些政策存在不公平、可操作性和適用性差的問題，如軍品免稅和軍隊固定資產投資相關政策；壹些政策滯後，如軍民通用標準、國防科技成果解密相關政策等，直接影響國防與民用技術融合的深度和廣度。
第四，我國現行科技管理體制存在軍民分割、多頭管理的現象，由哪個機構來協調軍民協同創新尚無定論。
第五，主管科技的軍民部門自治性強得多，傾向於在本系統內分配科研任務、分配科研經費，造成大量科研資源浪費。
六是缺乏軍工技術向民用領域轉移的激勵機制和考核監督機制。軍用技術和民用主要是自發行為，尚未成為軍事單位的法律責任。技術轉移的外部約束和內部動力不足，目前仍以內部轉化為主。
第七，民用技術向國防轉移的關鍵環節缺乏系統有效的支撐。