四川農民工在貴州務工期間發生工傷，治療費用應由工傷保險基金支付。用人單位未參加工傷保險的，應當由用人單位支付，醫療保險基金不予支付。農民工不得使用新農合報銷。
農民工利用新農合報銷工傷醫療費用是違法行為，是編造非工傷或患病事實，騙取醫保基金的違法行為。法律後果是人社局將追回被騙金額，並處以被騙金額2-5倍的罰款。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
社會保險法
第三十條下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
(壹)應由工傷保險基金支付的；
(二)應當由第三方承擔的；
第八十八條以欺詐、偽造證明材料或者其他手段騙取社會保險待遇的，由社會保險行政部門責令退還騙取的社會保險待遇，並處騙取金額二倍以上五倍以下的罰款。
第九十四條違反本法規定，構成犯罪的，依法追究刑事責任。