1.由國務院決定。國務院認為適用地方性法規的，適用地方性法規的有關規定；
2.但是，國務院認為應當適用部門規章的，應當提請全國人民代表大會常務委員會裁定。
法律依據:《中華人民共和國立法法》
第五章第八十條地方性法規的效力高於本級和下級地方政府規章。省、自治區人民政府制定的規章比較大的市的人民政府在本行政區域內制定的規章更有效。
第五章第八十六條(壹)同壹機關制定的新的壹般規定與舊的特別規定不壹致的，由制定機關作出裁定；(二)地方性法規和部門規章之間對同壹事項的規定不壹致，不能確定如何適用的。國務院提出意見。國務院認為應當適用地方性法規的，應當決定該地方適用地方性法規的規定；