由於認識不同，個別行政機關在具體實施中往往存在以下問題:
首先，個別行政機關經常忽視責令改正。《中華人民共和國行政處罰法》第二十三條規定:“行政機關實施行政處罰時，應當責令當事人改正違法行為或者限期改正。”
但在壹些行政機關制作發布的文件中，缺乏責令改正，存在重罰輕糾的傾向。有的甚至出具了整改意見，但沒有對是否整改、整改效果進行跟蹤反饋的記錄。
二是個別行政機關將責令改正與行政處罰混為壹談。《中華人民共和國行政處罰法》第八條規定了七種行政處罰，但不包括“責令改正”。
壹些行政機關在向當事人下達的行政處罰決定書中，將“責令改正”列為處罰種類，與責令停止生產銷售、沒收違法產品、沒收違法所得、罰款等處罰手段並列，顯然不妥。
三是個別行政機關責令改正的內容不明確。要求當事人責令改正的違法行為應當明確、具體、有針對性。有的行政機關對當事人提出整改要求，是“責令改正”，缺少改什麽、怎麽改的內容。由於過於簡單化，矯正的效果往往很差，甚至流於形式，不能起到責令矯正應有的作用。
法律依據
《中華人民共和國行政處罰法》第二十三條* * *行政機關實施行政處罰時，應當責令當事人改正違法行為或者限期改正。
《中華人民共和國國家稅務總局發布公告》(國家稅務總局公告2016第78號)第十二條:稅務機關應當責令當事人改正違法行為或者限期改正的，除法律、法規、規章另有規定外，責令限期改正的期限壹般不得超過30日。