理論界認為月薪制加班工資的基數是:
首先，勞動合同中有工資約定的，按照不低於勞動合同約定的員工所在崗位的工資標準確定計算基數。
其次，勞動合同沒有約定的，按照集體合同約定的加班工資基數確定；
再次，勞動合同或者集體合同沒有約定的，按照勞動者正常勞動應得的工資確定。同時，加班工資基數不得低於本市規定的最低工資標準。
計算基數應根據勞動合同的約定來確定，而不是根據工人應得的工資來確定。結合工資總額的構成，計算基數應包括正常工作時間工資、獎金、壹般津貼和補貼，但不包括以下各項:①延長工作時間工資；(2)中班、夜班、高溫、低溫、井下、有毒有害等特殊工作環境和條件下的津貼；(3)法律、法規和國家規定的職工福利待遇等。
但對於上述內容，法律並無規定。這只是給用人單位支付了加班費，基本工資留下了規避法律的空間。在這個問題上立法也不是不可能。我個人認為可能是立法者註意到了我國大量勞動者的工資主要來源於加班工資。如果這個漏洞被堵上，會給經濟實體帶來很大的困難，暫時對這個問題視而不見。
至於妳所困惑的事假扣工資的問題，結論和加班費是壹樣的，不違法，因為不違法而是合法的。具體規則同加班費發放規則。