法律分析
壹般情況下，補充協議不能涉及主合同約定的主要標的物，不能對主合同進行實質性修改。如果要對主合同進行實質性修改，前提是必須符合法律規定，比如合同履行過程中的正常變更或建築面積變更，簽訂補充協議或簽證即可。特殊情況下，需要在相關部門進行建築許可、建設工程承包、建設工程監理備案的合同條款，以及已經招標的合同，壹般不能在補充協議中隨意變更。但現實中，合同雙方往往需要在主合同簽訂後，再訂立壹些與原合同(主要是工程價款方面)不壹致的補充協議。根據《招標投標法》及最高人民法院相關司法解釋，此類補充合同的內容具有相應效力，不能推翻原合同。理論上，已經備案的合同和已經招標的合同，如果涉及合同實質性內容的簽證變更，都應該重新備案。至於這種備案是否強制，如何備案，目前法律上沒有新的管理規定，可以參照當地備案部門的相關要求來決定。
法律依據
中華人民共和國民法典
第五百七十七條當事人壹方不履行合同義務或者履行合同義務不符合約定的，應當承擔繼續履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責任。
第五百七十八條當事人壹方明確表示或者以自己的行為表明不履行合同義務的，對方可以在履行期限屆滿前要求其承擔違約責任。