1、哈密地區:哈密市、伊吾縣、巴爾坤縣；
2.昌吉回族自治州:雷姆縣、奇臺縣；
3.阿勒泰地區:清河、富蘊縣、福海縣、阿勒泰市、布爾津縣、哈巴河縣、吉木乃縣；
4.塔城地區:和布克賽爾縣、額敏縣、塔城市、裕民縣、托裏縣；
5.博爾塔拉蒙古自治州:阿拉山口行政區、博樂市、溫泉縣；
6.伊犁地區:霍城縣、察布查爾縣、昭蘇縣；
7.阿克蘇地區:溫宿縣、烏什縣；
8.克孜勒蘇柯爾克孜自治州:阿圖什、烏恰縣、阿合奇縣、阿克陶縣；
9.喀什:塔什庫爾幹縣、葉城縣。
法律依據:《中華人民共和國邊境管理區護照管理辦法》。
第十五條《邊境通行證》由縣級以上公安機關簽發。邊遠地區和出入邊境管理區人員較多的地區，由省、自治區、直轄市公安廳、局批準，指定公安派出所簽發。
第十六條《邊境通行證》應由專人負責簽發，嚴格管理，簡化手續，方便群眾。
第十七條簽發的所有邊境通行證應當用黑色墨水或者用微型計算機填寫，字跡工整，項目齊全，不得塗改，並加蓋發證機關的行政印章或者邊境通行證專用章。
第十八條《邊境通行證》實行壹人壹證，與《居民身份證》同時使用。16周歲以下未成年人不單獨出具證明，但可隨持證人出行，但不得超過兩人。
第十九條《邊境通行證》有效期不得超過三個月，可以重復使用；對於經常出入邊境管理區的人員，其證件有效期最長可達壹年。
第二十條《邊境通行證》有效期滿，持證人應向原發證機關繳銷證件。證件存根、註銷的舊證件、邊境通行證申請表的保存期限為兩年，銷毀時應進行登記。