本中心的前身是中國房地產咨詢評估中心，1992經中央組委會批準成立，為房地產行業提供中介服務。根據中央機構編制委員會辦公室《關於中國房地產咨詢評估中心更名問題的批復》(中編辦〔2002〕98號)，中國房地產咨詢評估中心更名為中國土地礦產法律事務中心，並加掛國土資源部土地糾紛調處事務中心牌子。
中國土地礦產法律事務中心(國土資源部土地糾紛調解中心)成立於2003年2月28日，位於北京市西城區羊肉胡同77號，是從事公益服務的自收自支事業單位。因此，國土資源部成為國務院中第壹個設立專門從事法律和調解事務的公共機構的部門。該中心的第壹任主任是張萬利。中心的宗旨是“服務政府、服務市場、服務社會”，是“從事國土資源法律法規政策研究、產權登記制度建設、土地礦產市場動態監測監管、土地礦產糾紛調解、土地礦產違法案件統壹辦理和輔助核查的行政輔助型直屬事業單位”。該中心還開通了中國第壹條土地礦產咨詢熱線。該中心為農民和有社會困難的人提供免費服務。
2014 11 10月，中央機構編制委員會辦公室批準中國土地礦產法律事務中心(國土資源部土地糾紛調解中心)更名為國土資源部不動產登記中心(國土資源部法律事務中心)，承擔不動產登記相關政策、業務、技術等支持工作和國土資源法律事務工作。