(壹)對病人和病原攜帶者進行隔離治療，隔離期限根據醫學檢查結果確定；(二)對疑似病人，在確診前在指定場所進行隔離治療；(三)對醫療機構內的病人、病原攜帶者和疑似病人的密切接觸者，在指定場所實施醫學觀察和采取其他必要的預防措施。隔離期滿前拒絕隔離治療或者擅自離開隔離治療的，公安機關可以協助醫療機構采取強制隔離治療措施。
醫療機構發現乙類、丙類傳染病患者時，應當根據病情采取必要的治療和控制措施。
醫療機構必須按照法律法規的規定，對本單位被傳染病病原體汙染的場所、物品和醫療廢物進行消毒和處置。
2020年6月28日，國家衛健委發布《新型冠狀病毒感染肺炎防控方案(第三版)》，要求醫療機構要重視和加強隔離、消毒和防護，全面落實預防醫院感染的各項措施，做好預檢分診工作，按照《醫療機構新型冠狀病毒感染防控技術指南(第壹版)》的要求，做好發熱門診和急診救治工作。感染人群中的肺炎病例(包括疑似病例和確診病例)和輕癥病例應當隔離治療，疑似病例應當單間治療。如果當地疫情較強，醫療資源緊張，輕癥病例和無癥狀感染者可采取居家治療和觀察。