醫院作為合法醫療機構之壹，受當地衛生行政部門監管。國務院衛生行政部門負責全國醫療機構的監管工作，縣級以上衛生行政部門負責本地區醫療機構的監管工作。具體到醫院，實行黨委領導下的院長負責制，院長負責醫院的行政和業務領導，各科室實行主任負責制，科室黨支部負責監督各項工作的完成。此外，軍隊醫療機構由中國人民解放軍衛生主管部門監督管理。
衛生行政部門的職責:
1，負責制定本行政區域內的衛生政策和規劃，並組織實施；
2、指導、監督和管理公共衛生服務、醫療服務、健康教育、計劃生育等工作；
3、負責疾病預防控制和醫療急救管理；
4、負責醫療機構的行政許可及其監督管理；
5、指導醫療衛生機構的業務工作和醫療質量安全管理；
6、負責醫療衛生人員的培訓、考核和繼續教育；
7、負責醫療衛生科研和技術管理工作；
8、負責醫療衛生行業信息統計、分析和發布；
9、負責醫療衛生行業的國際交流與合作；
10，負責醫療市場的監督管理，維護醫療衛生行業秩序。
綜上，醫院由衛生行政部門管理，衛生行政部門負責國務院醫療機構的監管，縣級以上衛生行政部門監管本地區的醫療機構。醫院內部實行黨委領導下的院長負責制，實行科主任負責制。中國人民解放軍衛生主管部門負責軍隊醫療機構的監督管理。
法律依據:
醫療機構管理條例實施細則
第七條
衛生計生行政部門依法獨立行使監督管理權。不受任何單位和個人的幹涉。