根據喀什大學2022年研究生招生簡章，共有16個學院，包括馬克思主義學院、教育科學學院、人文學院、漢語言學院、外國語學院、生命與地理學院、化學與環境科學學院、數學與統計學院、物理與電氣工程學院、音樂與舞蹈學院、藝術與設計學院、法政學院、體育學院等。
目前學校擁有中國語言文學、教育學、化學、馬克思主義理論4個碩士學位授權點，教育學、應用統計學、生物學、醫學3個碩士學位授權點。其中，中國語言文學為自治區高原學科，教育學、化學為自治區重點支持學科。
學校擁有國家民委1基地、自治區普通高等學校人文社會科學重點研究基地2個、自治區級重點實驗室2個、自治區級工程技術研究中心1個，為學校的學科發展和研究生教育提供了良好的平臺。
學校有高泰和新泉兩個校區，總占地面積166平方米。截至2026年9月，共有23054名學生，其中包括938名研究生。為提高研究生培養質量，學校不僅聘請了來自南開大學、華南理工大學、華中師範大學、上海師範大學和華東政法大學的多位知名學者擔任研究生導師，承擔研究生課程的教學和培養任務，還走訪了南開大學、南通大學、上海理工大學、上海應用技術大學等高校。