1.生態清潔小流域建設:密雲區啟動了以保護密雲水庫水源為核心的生態清潔小流域建設，構築了生態修復、生態治理、生態保護三道防線，采取21措施實施“垃圾、汙水、廁所、溝渠、面源汙染”五步控制，逐步推進小流域單元生態清潔小流域建設。
2.全封閉:將密雲水庫上遊77條生態清潔小流域中的11劃定為第壹道防線，實行全封閉，減少人為活動和人為幹擾，實現自然涵養水源。
3.汙水處理:密雲區已完成密雲水庫壹級保護區41個村莊的汙水處理，53個村莊建成汙水處理站。預計到2023年完成其余89個村的汙水處理，實現有條件的行政村全覆蓋。
4.生態河道治理:采用生態的方法進行河道治理，河底不再襯水泥，沿河兩岸種植水生植物，兩側采用生態框架護坡，種植保水植物，在河水中制作生物浮床，種植荔枝、蘆葦、菖蒲等“專家”凈化河水，提高水體自凈能力。
5.推進依法節約用水:制定實施《密雲水庫流域生態保護和綠色發展規劃》等系列文件，組建水庫綜合執法大隊，實現特定區域綜合執法，為節約用水提供法律保障。
6.科技保水:建設5個壹級水庫保護區生態保水防火觀測平臺，安裝智能監控設備，實現庫區保水防火監測全覆蓋。成立密雲水庫生態文明建設研究中心，建成國內首個大型水庫水環境保護分析系統，全面提升水源地安全管理效率。
以上措施共同實施，保護密雲水庫的水質和生態環境。