宜賓市有兩區四縣在保護區內，分別是翠屏區、南溪區、屏山縣、宜賓縣、江安縣、長寧縣。同時，宜賓市水產漁業局增設了國家級自然保護區管理處，全面管理轄區內的保護區工作。
保護區重慶段有“壹局三地兩站”。重慶保護區管理局依托重慶漁政漁港監督管理所組建。在長江巴南區魚洞江段設立巴南管理處，在長江江津市吉江段設立江津管理處，分別在朱陽鎮和白沙鎮設立保護站，在長江永川市松吉鎮江段設立永川管理處。管理機構人員編制為32人。采取與當地漁政部門合署辦公的管理模式，實行“壹套人馬，兩塊牌子”。