2.營業稅、增值稅等流轉稅在當地繳納。但妳公司跨地區設立總機構的，所得稅由總機構按國稅發(2008)28號文件計算，分支機構按當地比例預繳。
3.在匯總繳納所得稅的基礎上，妳必須匯總整個公司的報表，但同時也要單獨核算，區分分支機構的收入、工資、資產(建議是總公司以下的部門核算單位)。
4.總公司是否收取管理費只是妳公司內部利潤分配的計算方法，因為所得稅要匯總計算，不會影響整個公司的所得稅。
5.建議總行對管理費內部核銷收取管理費，或者掛應收應付等其他往來科目。總公司最好不要確定收入，否則又要交流轉稅。
法律依據:《中華人民共和國公司法》第十四條可以設立分公司。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。